O secretariado executivo intermunicipal é constituído por um primeiro-secretário e, mediante deliberação unânime do conselho intermunicipal, até dois secretários intermunicipais.

No caso da AMAL, o Secretariado Executivo Intermunicipal é constituído apenas pelo Primeiro-Secretário, reeleito pela Assembleia Intermunicipal em 23 de dezembro de 2025, em regime de exclusividade, mantendo-se assim nas funções que ocupa desde 2018.

Primeiro Secretário: Joaquim Brandão Pires